La cooperación científica entre Francia y España se encuentra entre las más dinámicas de Europa. En el marco de Horizonte Europa, el programa marco de investigación e innovación de la Unión Europea para el período 2021-2027, Francia es el tercer socio de España, mientras España ocupa el lugar de segundo socio de Francia. En 2026 se contabilizaban cerca de 20.300 colaboraciones entre equipos de investigación de ambos países, impulsadas por instituciones de referencia como el CNRS (Centre national de la recherche scientifique) y el CSIC (Consejo Superior de Investigaciones Científicas).

En el ámbito bilateral, diversos acuerdos contribuyen a reforzar la cooperación científica y tecnológica en áreas estratégicas como la astrofísica (CNRS–IAC), la agricultura, la alimentación y el medio ambiente (INRAE–CSIC), o las nuevas tecnologías de la energía (CEA–CIEMAT). Francia se encuentra entre los primeros socios científicos de España en términos de copublicaciones, es asimismo el segundo destino de movilidad doctoral para los doctorandos españoles, lo que refleja el dinamismo de los vínculos científicos entre ambos países.